De terroristische groepering Haqqani Network verscheen in de rapporten van inlichtingendiensten die actief waren in Afghanistan en Pakistan van 2004-2005. De naam van het netwerk wordt geassocieerd met de naam van de veldcommandant Jalaluddin Haqqani, die vocht tegen de Sovjet-troepen.
Tijdens het verblijf van Sovjet-troepen in Afghanistan was Jalaluddin Haqqani een beroemde veldcommandant, hij werd ondersteund door de Amerikaanse Central Intelligence Agency en bood financiële hulp.
Na de terugtrekking van de Sovjettroepen ging de burgeroorlog in Afghanistan door. Haqqani is betrokken geweest bij verschillende grote operaties, zijn gezag is aanzienlijk gegroeid. In 1992 nam hij deel aan vredesonderhandelingen tussen de strijdende partijen, werd toen minister van Justitie van Afghanistan en bekleedde deze functie vier jaar.
Na de verovering van Kabul door de Taliban in 1996, liep Haqqani naar hun kant en werd benoemd tot minister van Grensaangelegenheden. Dit leidde er in de praktijk toe dat hij de provincie Paktia, waar de later door de Amerikanen verwoeste trainingskampen van al-Qaeda waren gevestigd, volledig onder controle had. Na de start van de Amerikaanse operatie tegen de Taliban begon Haqqani het bevel te voeren over hun strijdkrachten, maar kon de indringers niet weerstaan. De Taliban werden verslagen, Haqqani begon een guerrillaoorlog te voeren en werd al snel door de Amerikanen genoemd als een van de zes meest gezochte terroristen van de Taliban.
Haqqani's acties tegen regeringstroepen en het Amerikaanse leger waren zeer succesvol, sinds het midden van de jaren 2000 begonnen rapporten uit Afghanistan het "Haqqani-netwerk" te noemen, wat wees op de toegenomen invloed van deze krijgsheer. Sinds 2006 heeft zijn zoon Sirajuddin (Siraj) samen met Haqqani de leiding over het netwerk. Sinds 2007 was het Siraj die de groep regeerde in verband met de verslechterende gezondheid van zijn vader. De terroristische groepering Haqqani, die nauw verbonden is met de Taliban, opereerde niettemin onafhankelijk en onderwierp zich nooit aan iemand.
Al snel omvatte het leiderschap van het "Haqqani-netwerk" al verschillende leden van de familie van de oprichter en een aantal veldcommandanten, de groep controleerde verschillende provincies van Afghanistan. Sinds 2008 begon de groep zelfmoordterroristen te gebruiken om terroristische aanslagen uit te voeren. De Amerikaanse autoriteiten begonnen het te zien als de grootste bedreiging voor de Amerikaanse troepen in Afghanistan. Volgens de inlichtingendiensten varieerde het aantal leden van het netwerk in 2010 van 4 tot 15 duizend personen. Het was moeilijk om het aantal militanten nauwkeuriger in te schatten vanwege het gesloten karakter van de groep.
Sinds 2008 is de zoon van de oprichter van de groep, Siraj Haqqani, door de Verenigde Staten opgenomen in de lijst van terroristen; sinds 2009 is een beloning van $ 5 miljoen bekend gemaakt voor informatie over hem. In de daaropvolgende jaren werden Nasiruddin Haqqani, Khalil al-Rahman Haqqani en Badruddin Haqqani aan de terroristische lijst toegevoegd.
Lange tijd hebben de Amerikaanse autoriteiten het niet aangedurfd om het "Haqqani-netwerk" officieel op te nemen in het aantal terroristische groeperingen, omdat ze nog hoopten tot een akkoord te komen met de leiders van zo'n invloedrijke beweging. De inlichtingendiensten van het land hebben zelfs ontmoetingen gehad met vertegenwoordigers van het netwerk, maar ze kwamen niet tot overeenstemming.
In september 2011 kwam er eindelijk duidelijkheid toen terroristen van het Haqqani-netwerk het hoofdkwartier van de NAVO-troepen en de Amerikaanse ambassade in Kabul aanvielen. 16 mensen werden het slachtoffer van de aanval. Het werd duidelijk dat het niet mogelijk zou zijn om met de terroristen tot overeenstemming te komen en in september 2012 werd bekend dat de Verenigde Staten het Haqqani-netwerk hadden toegevoegd aan de lijst van terroristische groeperingen.